Contrastes independientes filogenéticos con árbol no resuelto

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Tengo un conjunto de datos que contiene medidas morfológicas y de rendimiento de especies de varios grupos, incluidos insectos, lagartijas, ranas, arañas, etc., y quiero analizar la relación entre estas medidas y el tamaño corporal del animal a través de métodos de regresión, mientras se controla la ascendencia común, similar a lo que se ha hecho en este trabajo:

Peattie, A. M. & Full, R. J. Análisis filogenético de la descamación de adhesivos fibrilares biológicos húmedos y secos PNAS, 2007, 104, 18595-18600

http://www.pnas.org/content/104/47/18595.abstract

Para la mayoría de mi especie, faltan longitudes de rama con apoyo estadístico, por lo que me preguntaba cuál sería la mejor manera de realizar mi análisis, y agradecería cualquier sugerencia.

Mire también en PGLS. De cualquier manera, una cosa que podría hacer, sería feo, sería establecer todas las longitudes de las ramas en 1. Además, podría suavizar el árbol con probabilidad penalizada, p.chronopl ()funciona en el paquete ape en R. Nuevamente, esta es una solución fea y mira en PGLS (no resolverá la parte fea de la filogenia).